diff --git a/doc/doxygen/CMakeLists.txt b/doc/doxygen/CMakeLists.txt
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..6862f9fe1452353ce538aae27706d4a725132be5
--- /dev/null
+++ b/doc/doxygen/CMakeLists.txt
@@ -0,0 +1,24 @@
+# $Id$
+
+#set(DOXYGEN_HTML_OUTPUT "${CMAKE_BINARY_DIR}/doc/html/doxygen")
+#file(MAKE_DIRECTORY "${CMAKE_BINARY_DIR}/doc/html/doxygen")
+
+configure_file(
+ "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/quick-guide.cfg.in"
+ "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/quick-guide.cfg" @ONLY)
+
+configure_file(
+ "${CMAKE_SOURCE_DIR}/CMake/docscripts/MakeDoxyDoc.cmake.in"
+ "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/MakeDoxyDoc.cmake" @ONLY)
+
+add_custom_target(doxygen_quick_guide
+ COMMAND "${CMAKE_COMMAND}"
+ -D DOXYGEN_CONFIG_FILE="${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/quick-guide.cfg"
+ -D DOXYGEN_OUTPUT_LOG_FILE="${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/quick-guide.log"
+ -P "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/MakeDoxyDoc.cmake"
+# DEPENDS quick-guide.dox
+# WORKING_DIRECTORY "${DOXYGEN_OUTPUT_DIRECTORY}"
+ WORKING_DIRECTORY "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}"
+ COMMENT "Generating Doxygen Quick Guide ... \n (see doxygen_quick_guide.log for details)")
+
+add_subdirectory(examples)
diff --git a/doc/doxygen/Makefile b/doc/doxygen/Makefile
deleted file mode 100644
index cda4853ecafc7778241fafc6d91fe14e4bf6b96b..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/doc/doxygen/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,24 +0,0 @@
-#
-# Makefile for the Doxygen Quick Guide.
-#
-
-# Set variables if they are undefined
-export LOFAR ?= $(shell pwd | sed 's|/LOFAR/.*|/LOFAR|')
-export DOXYGEN ?= /usr/bin/doxygen
-export DOCDIR ?= $(LOFAR)/doc/html
-
-# Add this documentation to the "doxygen" subdirectory.
-THISDOCDIR := $(DOCDIR)/doxygen
-
-doc:
- @if ! [ -d $(THISDOCDIR) ]; then mkdir $(THISDOCDIR); fi
- @cp quick-guide.cfg doxygen.cfg
- @echo "HTML_OUTPUT = $(THISDOCDIR)" >> doxygen.cfg
- @echo "GENERATE_TAGFILE = $(DOCDIR)/doxygen.tag" >> doxygen.cfg
- $(DOXYGEN) doxygen.cfg
- $(MAKE) doc -C examples
-
-clean:
- $(RM) -r $(THISDOCDIR) $(DOCDIR)/doxygen.tag doxygen.cfg
- $(MAKE) clean -C examples
-
diff --git a/doc/doxygen/examples/CMakeLists.txt b/doc/doxygen/examples/CMakeLists.txt
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..702c8b79ae20e0bd0cccf5687adf3ddf46c27803
--- /dev/null
+++ b/doc/doxygen/examples/CMakeLists.txt
@@ -0,0 +1,19 @@
+add_custom_target(dqg_example_group
+ COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E
+ make_directory "${CMAKE_BINARY_DIR}/doc/html/doxygen/examples/group"
+ COMMAND ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/group.cfg)
+
+add_custom_target(dqg_example_memgrp
+ COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E
+ make_directory "${CMAKE_BINARY_DIR}/doc/html/doxygen/examples/memgrp"
+ COMMAND ${DOXYGEN_EXECUTABLE} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/memgrp.cfg)
+
+configure_file(
+ ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/group.cfg
+ ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/group.cfg
+ @ONLY)
+
+configure_file(
+ ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/memgrp.cfg
+ ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/memgrp.cfg
+ @ONLY)
diff --git a/doc/doxygen/examples/Makefile b/doc/doxygen/examples/Makefile
deleted file mode 100644
index 58d18b818d9e2a3f59045ade8189b5f13f83ac13..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/doc/doxygen/examples/Makefile
+++ /dev/null
@@ -1,29 +0,0 @@
-#
-# Makefile for the examples that accompany the Doxygen Quick Guide.
-#
-
-# Set variables if they are undefined
-export LOFAR ?= $(shell pwd | sed 's|/LOFAR/.*|/LOFAR|')
-export DOXYGEN ?= /usr/bin/doxygen
-export DOCDIR ?= $(LOFAR)/doc/html
-
-# Add this documentation to the "doxygen/examples" subdirectory.
-THISDOCDIR := $(DOCDIR)/doxygen/examples
-
-doc: $(THISDOCDIR)/group/index.html \
- $(THISDOCDIR)/memgrp/index.html
-
-clean:
- $(RM) -r $(THISDOCDIR) doxygen.cfg
-
-$(THISDOCDIR)/group/index.html: group.h group.cfg
- @if ! [ -d $(THISDOCDIR) ]; then mkdir $(THISDOCDIR); fi
- @cp group.cfg doxygen.cfg
- @echo "HTML_OUTPUT = $(THISDOCDIR)/group" >> doxygen.cfg
- $(DOXYGEN) doxygen.cfg
-
-$(THISDOCDIR)/memgrp/index.html: memgrp.h memgrp.cfg
- @if ! [ -d $(THISDOCDIR) ]; then mkdir $(THISDOCDIR); fi
- @cp memgrp.cfg doxygen.cfg
- @echo "HTML_OUTPUT = $(THISDOCDIR)/memgrp" >> doxygen.cfg
- $(DOXYGEN) doxygen.cfg
diff --git a/doc/doxygen/examples/group.cfg b/doc/doxygen/examples/group.cfg.in
similarity index 53%
rename from doc/doxygen/examples/group.cfg
rename to doc/doxygen/examples/group.cfg.in
index 72efdf3b1f977d02caa260af04bfef17fad2294c..349cc269be64854e234cd00505882cd7f338b6d0 100644
--- a/doc/doxygen/examples/group.cfg
+++ b/doc/doxygen/examples/group.cfg.in
@@ -3,10 +3,10 @@ GENERATE_LATEX = NO
GENERATE_MAN = NO
GENERATE_RTF = NO
CASE_SENSE_NAMES = NO
-INPUT = group.h
+INPUT = "@CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR@/group.h"
+HTML_OUTPUT = "@CMAKE_BINARY_DIR@/doc/html/doxygen/examples/group"
QUIET = YES
DISTRIBUTE_GROUP_DOC = YES
JAVADOC_AUTOBRIEF = YES
-INPUT_FILTER = $(LOFAR)/autoconf_share/slash2spanning.pl
+INPUT_FILTER = "@CMAKE_SOURCE_DIR@/CMake/docscripts/slash2spanning.pl"
FILTER_SOURCE_FILES = YES
-
diff --git a/doc/doxygen/examples/memgrp.cfg b/doc/doxygen/examples/memgrp.cfg.in
similarity index 53%
rename from doc/doxygen/examples/memgrp.cfg
rename to doc/doxygen/examples/memgrp.cfg.in
index 9ba2d4a33b059a40b8a734d007aa208cf14bcb8f..81cd70f12b52eb788a50df14c0cec6311126cf69 100644
--- a/doc/doxygen/examples/memgrp.cfg
+++ b/doc/doxygen/examples/memgrp.cfg.in
@@ -3,9 +3,10 @@ GENERATE_LATEX = NO
GENERATE_MAN = NO
GENERATE_RTF = NO
CASE_SENSE_NAMES = NO
-INPUT = memgrp.h
+INPUT = "@CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR@/memgrp.h"
+HTML_OUTPUT = "@CMAKE_BINARY_DIR@/doc/html/doxygen/examples/memgrp"
QUIET = YES
DISTRIBUTE_GROUP_DOC = YES
JAVADOC_AUTOBRIEF = YES
-INPUT_FILTER = $(LOFAR)/autoconf_share/slash2spanning.pl
+INPUT_FILTER = "@CMAKE_SOURCE_DIR@/CMake/docscripts/slash2spanning.pl"
FILTER_SOURCE_FILES = YES
diff --git a/doc/doxygen/pkgdoc-howto.cfg b/doc/doxygen/pkgdoc-howto.cfg
deleted file mode 100644
index 1fc9daea3fac30fbcec57977dc95881bb4dd8f64..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/doc/doxygen/pkgdoc-howto.cfg
+++ /dev/null
@@ -1,5 +0,0 @@
-OUTPUT_DIRECTORY = .
-OUTPUT_LANGUAGE = dutch
-HTML_OUTPUT = html
-INPUT = pkgdoc-howto.doc
-GENERATE_LATEX = NO
diff --git a/doc/doxygen/pkgdoc-howto.dox b/doc/doxygen/pkgdoc-howto.dox
deleted file mode 100644
index 30fcb1672d9076a8804432cf99384d5afc0116e0..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/doc/doxygen/pkgdoc-howto.dox
+++ /dev/null
@@ -1,174 +0,0 @@
-/**
-
-\page pkgdoc-howto LOFAR Package Documentatie: Hoe?
-\author Marcel Loose
-\date 26 januari 2005
-
-\anchor pkgdoc-toc
-<dl>
-<dt><b>Inhoud:</b></dt>
-<dd>
- \ref pkgdoc-intro <br>
- \ref pkgdoc-apart <br>
- \ref pkgdoc-perpkg <br>
- \ref pkgdoc-module <br>
- \ref pkgdoc-conc <br>
-</dd>
-</dl>
-
-<hr>
-
-\section pkgdoc-intro Introductie
-
-Ik heb de afgelopen dagen uitgebreid onderzocht wat de beste methode is om de
-diverse LOFAR packages te documenteren en deze documentatie te integreren met
-de door Doxygen gegenereerde HTML pagina's. Er is een aantal manieren waarop
-integratie kan plaatsvinden. Ik zal er drie hieronder beschrijven.
-
-\ref pkgdoc-toc "[Inhoud]"
-<hr>
-
-\section pkgdoc-apart Aparte documentatie van packages
-
-Bij deze methode worden packages geheel onafhankelijk van de feitelijke source
-code documentatie beschreven. Doxygen biedt de mogelijkheid om dergelijke
-pagina's te maken m.b.v. structuurcommando's als \c \\page, \c \\section, \c
-\\subsection, etc. Het is ook mogelijk om referenties naar dergelijke pagina's
-en (sub)secties op te nemen.
-
-Helaas is het niet eenvoudig om een referentie naar de source-code
-documentatie van een package op te nemen. De belangrijkste reden hiervoor is
-dat het begrip \e package, zoals we dat binnen LOFAR kennen, niet
-één-op-één overeenkomt met de structuur in de
-source code; een LOFAR package is in feite een collectie van sources waarvan
-de object-code samengevoegd wordt in een software-bibliotheek. Hierdoor
-bestaat er geen `ingang' voor een package; er is geen HTML file waarnaar
-gelinkt zou kunnen worden.
-
-Doxygen kent weliswaar het begrip \e package, maar hiermee wordt dan een
-Java package bedoeld. De C++ `equivalent' hiervan is de \e namespace. Het
-moge duidelijk zijn dat de onderverdeling van LOFAR packages op dit moment in
-het geheel niet matcht met de gebruikte namespaces.
-
-
-<b>Voordelen</b>
-- De bestaande documentatie in de \c *.h files hoeft niet aangepast of
- uitgebreid te worden. De beschrijving van packages is feitelijk gescheiden
- van de beschrijving van de source code. (Dit is tevens een nadeel).
-
-<b>Nadelen</b>
-- De beschrijving van packages is teveel gescheiden van de beschrijving van de
- bijbehorende source code. In feite is een `package' niets meer dan een
- fysieke bundeling van de afzonderlijke object-files in een component (een
- software bibliotheek).
-
-<b>Oplossingen</b>
-- De sources van ieder package zouden in een aparte namespace geplaatst moeten
- worden. Hoewel dit een richtlijn is in de nieuwe, nog uit te brengen,
- <em>C++ Coding Standard</em> is de praktijk anders. Toch is deze oplossing
- niet volledig, omdat de nieuwe standaard voorschrijft dat ieder package in
- de namespace \c LOFAR geplaatst moeten worden; packages worden dus niet
- genest!
-
-\ref pkgdoc-toc "[Inhoud]"
-<hr>
-
-
-\section pkgdoc-perpkg Links naar `per package' Doxygen documentatie
-
-Bij deze methode ga je er vanuit dat ieder package afzonderlijk wordt
-ge-doxygen-d; dit is bijvoorbeeld het geval als je als ontwikkelaar een
-<tt>make doc</tt> doet in je eigen build directory. Je kunt Doxygen een
-zogenaamde <em>tag file</em> laten genereren. Je kunt vervolgens een globale
-LOFAR documentie pagina maken m.b.v. deze tag files. Feitelijk is deze methode
-bedoeld om de documentatie van third-party producten beter te kunnen
-integreren in je eigen documentatie.
-
-
-<b>Voordelen</b>
-- De bestaande documentatie in de <tt>*.h</tt> files hoeft niet aangepast te
- worden.
-- Je kunt vanuit een willekeurige pagina eenvoudig linken naar een bepaald
- package, omdat ieder package een eigen \c index.html en \c main.html file
- heeft.
-- Alleen gewijzigde packages hoeven opnieuwe ge-doxygen-d te worden.
-
-<b>Nadelen</b>
-- De documentatie pagina's missen de benodigde samenhang. Ieder package
- heeft namelijk zijn eigen `Main Page'. Je raakt hierdoor al snel het spoor
- bijster.
-- In het algemeen is het navigeren lastiger, omdat je niet kunt linken
- naar de `echte' hoofdpagina. Je kunt hier dan feitelijk alleen nog maar naar
- terug m.b.v. de `Back' button.
-
-<b>Oplossingen</b>
-- Er is eigenlijk niet echt een oplossing voor het hierboven beschreven
- probleem. De documentatie wordt namelijk in fragmenten gegenereerd. Het is
- vervolgens erg lastig om hier weer een samenhangend geheel te maken.
-
-\ref pkgdoc-toc "[Inhoud]"
-<hr>
-
-
-\section pkgdoc-module Packages als Doxygen `modules'
-
-Bij deze methode wordt gebruik gemaakt van het \e Grouping mechanisme in
-Doxygen. Met behulp van \e Grouping is het mogelijk om een hiërachische
-\e view van zogenaamde \e modules op je project te creëeren. Hiervoor
-zijn de commando's \c \\defgroup, \c \\ingroup en \c \\addtogroup beschikbaar.
-
-
-\e Grouping is naar mijn idee één van de slechtst begrepen
-faciliteiten binnen Doxygen. De gebruikershandleiding is onduidelijk over \e
-hoe je `grouping' het beste kunt gebruiken. Een korte blik op <a
-href="http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/projects.html">voorbeeldprojecten</a>
-op de Doxygen site laat zien dat \e grouping op de meest uiteenlopende
-manieren wordt gebruikt.
-
-We zouden ervoor kunnen kiezen om de afzonderlijke LOFAR packages te
-documenteren in groepen. Omdat groepen genest kunnen worden, past dit goed
-op de hiërachische structuur van packages.
-
-<b>Voordelen</b>
-- Het is eenvoudig om een hyperlink op te nemen naar de beschrijving van een
- package, omdat Doxygen voor iedere \e module een aparte HTML file genereert.
-- Ook zogenaamde top-level packages, zoals CEP, kunnen worden gedocumenteerd.
- Dit in tegenstelling tot de oplossing die genoemd wordt bij de
- \ref pkgdoc-apart "eerste methode".
-
-<b>Nadelen</b>
-- De documentatie in alle bestaande <tt>*.h</tt> files moet worden aangepast.
-- Het is noodzakelijk dat er consciëntieus omgegaan wordt met het
- toevoegen van de commando's \c \\defgroup, \c \\ingroup en \c
- \\addtogroup. Helaas is dit nauwelijks te automatiseren en dus foutgevoelig.
-
-<b>Oplossingen</b>
-- Het is (deels) mogelijk om de software-ontwikkelaars te helpen door
- zogenaamde sjablonen (\e templates) beschikbaar te stellen voor
- bijv. <tt>*.h</tt> files, <tt>*.cc</tt> files, etc. Hierin zouden \e
- placeholders opgenomen kunnen worden (bijv. \c $package$ en \c $class$) die
- door een extern script automatisch juist ingevuld worden. Wellicht kan het
- TMS project hierbij als voorbeeld dienen.
-
-\ref pkgdoc-toc "[Inhoud]"
-<hr>
-
-
-\section pkgdoc-conc Conclusies
-
-Als we de voor- en nadelen van de hierboven beschreven mogelijkheden bekijken
-dan kunnen we de voorzichtige conclusie trekken dat het wellicht het beste is
-(vanuit oogpunt van overzichtelijke documentatie) om te kiezen voor de laatst
-beschreven aanpak; om packages als \ref pkgdoc-module "Doxygen `modules'" te
-beschrijven.
-
-Hoewel deze aanpak op de korte termijn nogal wat werk met zich meebrengt, werk
-dat \e niet eenvoudig met behulp van een script uitgevoerd kan worden, is dit
-mijns inziens wel de beste oplossing voor de lange termijn. We zullen nog wel
-moeten zoeken naar oplossingen om de juiste \e grouping commando's zoveel
-mogelijk automatisch te laten genereren, opdat fouten zoveel mogelijk worden
-voorkomen.
-
-\ref pkgdoc-toc "[Inhoud]"
-
-*/
diff --git a/doc/doxygen/quick-guide.cfg b/doc/doxygen/quick-guide.cfg
deleted file mode 100644
index dc51fe2db6e7d7d007c00062086dc60da694aad9..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/doc/doxygen/quick-guide.cfg
+++ /dev/null
@@ -1,4 +0,0 @@
-OUTPUT_DIRECTORY = .
-INPUT = quick-guide.dox
-EXAMPLE_PATH = examples
-GENERATE_LATEX = NO
diff --git a/doc/doxygen/quick-guide.cfg.in b/doc/doxygen/quick-guide.cfg.in
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..4a3f3668842a440b6f01e68f8614ac9e891cbcb0
--- /dev/null
+++ b/doc/doxygen/quick-guide.cfg.in
@@ -0,0 +1,5 @@
+HTML_OUTPUT = "@DOXYGEN_HTML_OUTPUT@/doxygen"
+INPUT = quick-guide.dox
+EXAMPLE_PATH = examples
+GENERATE_LATEX = NO
+GENERATE_TAGFILE = "@DOXYGEN_HTML_OUTPUT@/quick-guide.tag"